Si, los amperajes se suman, pero una fuente de PC no solo da 12v en el conector de 4 pines, hay muchos más cables que los dan, de echo, puedes unirlos todos y así sacar 12V. con más Amperios, luego está la potencia en negativo, los -12v que también deberías de sumarlos.
Con 2 fuentes no creo que tengas problemas, incluso puede que con 1 sola fuente sumando todos los amperios logres llegar a 40A, de todos modos la etapa no creo que necesite siempre esos 40A que comentas, no? dependenderá también de que sub le conectes, el volumen, etc...